La théorie qui décrit cette interaction forte est la chromodynamique quantique, aussi appelée par son acronyme anglais QCD (Quantum ChromoDynamics). D'après cette théorie, chaque quark porte une charge de couleur1 qui peut être de trois sortes : « bleue », « verte » ou « rouge ». Ces « couleurs » ne sont que des noms et n'ont rien à voir avec les couleurs au sens habituel. Les antiquarks de leur côté portent une charge « antibleue » (nommée aussi jaune, et équivalente à vert+rouge), « antiverte » (nommée aussi magenta = bleu+rouge) ou « antirouge » (nommée aussi cyan = bleu+vert). Un hadron ne peut exister que si sa couleur totale est neutre ou « blanche » (ce que l'on appelle aussi un singulet de couleur). Ainsi un méson est composé d'une paire quark-antiquark qui ne peut être qu'une combinaison symétrique de « bleue » – « antibleue », « verte » – « antiverte » et « rouge » – « antirouge ». De même un baryon est formé de trois quarks (ou trois antiquarks) qui devront porter chacun une couleur différente « bleue », « verte » et « rouge » (ou « antibleu », « antiverte » et « antirouge »), la somme des trois couleurs étant neutre.
Les gluons, intermédiaires de l'interaction forte, portent pour leur part à la fois une couleur et une anti-couleur (par exemple, bleu-antirouge, ou vert-antibleu). Il y a 9 possibilités d'associations de couleur-anticouleur mais seulement 8 gluons, pour des raisons mathématiques liées à la symétrie de jauge SU(3) à la base de la chromodynamique quantique (très brièvement, la combinaison linéaire bleu-antibleu + vert-antivert + rouge-antirouge est totalement neutre et ne correspond pas à un gluon). L'interaction d'un gluon avec un quark peut modifier la couleur de ce dernier : un gluon bleu-antirouge absorbé par un quark rouge va le transformer en quark bleu ; ou encore un quark vert pourra émettre un gluon vert-antirouge en devenant rouge. Une conséquence de ce mécanisme est que la charge de couleur d'un quark donné va changer de manière continuelle par échange de gluons avec ses voisins, mais la charge totale d'un système isolé de particules sera conservée au cours du temps. Ainsi la paire quark-antiquark d'un méson passe constamment de rouge-antirouge à vert-antivert (par échange d'un gluon rouge-antivert), et bleu-antibleu, etc., seule la somme des couleurs reste neutre.
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